分子生物学上的bp代表什么,生物化学bp是什么意思

2022-09-12 15:43:34 B股动态

　　GO|KEGG圈图 　　

　　朋友们好，欢迎来到小阳专栏！我不知道。你学了上一期的PCA和UMAP图了吗？本期，小阳将向大家介绍如何使用仙桃学术工具绘制GO|KEGG圆图。　　

　　基本概念 　　

　　简单地说，富集分析：就是将一堆带有功能注释的分子与所有带有功能注释的分子进行比较(超几何分布测试)，以确定那堆分子中涉及哪些功能。单独用几个分子做富集分析意义不大。　　

　　GO（Gene Ontology，基因本体）数据库：基因的功能分为三类：生物过程(BP)、细胞成分(CC)和分子功能(MF)。通过使用GO数据库，我们可以得到CC、MF和BP水平上的目标基因之间的关系。　　

　　KEGG 数据库：,的一种access数据库，它收集了许多与access相关的数据库。access数据库还包括wikipathway、reactome等。　　

　　在富集分析的基础上，富集分析联合 logFC：利用提供的分子logFC计算每个条目对应的zscore，初步判断对应条目是正(zscore为正)还是负(zscore为负)。zscore计算方法如下：　　

　　其中，这里的Up \Down表示对应正负logFC的条目数，Counts表示条目对应的分子总数。　　

　　应用场景 　　

　　该模块是GO|KEGG富集分析结果的圆图可视化。　　

　　注意：的这个模块需要先进行GO|KEGG(结合logFC)的浓缩分析(不是GO|KEGG浓缩分析模块)并保存结果，然后这里的云数据就会有结果记录，然后才能进行可视化操作。在右边的基本参数中有一个ID列表输入框。您可以将相应云数据记录的浓缩分析表中感兴趣的ID列复制到此处进行可视化。　　

　　主要结果 　　

　　图形可以分为两部分：内圈和外圈。内圈的每一列对应一个条目，高度是p.adj的相对大小，高度越高，ID的p.adj越小。列的填充颜色表示条目的zscore值。　　

　　zscore的计算方法来自GOplot包，计算方法如下：　　

　　其中，这里的Up\ Down表示对应正负logFC的条目数，Counts表示条目对应的分子总数。　　

　　如果zscore为正，说明对应的分录可能是正调整；如果是负数，对应的分录可能是负数调整；绝对值越大，高表达分子和低表达分子的数量差异越大，说明调控程度可能更高。　　

　　注意zscore只能作为一个可能的参考，因为在计算方法中，并没有考虑一个项目中的分子对这个项目是正调整还是负调整(GO|KEGG数据库中没有记录每个分子对这个项目是正调整还是负调整的数据信息，所以没有办法合并到计算中)。　　

　　外圈是条目中包含的分子，不同的高度代表对应的logFC值，而logFC为正。　　

的分子被标记成 Up，logFC 为负的分子被标记成 Down，同时填充不同的颜色。

这个图的作用除了展示条目的 p.adj（柱子高低），还会同时展示每个条目对应的分子的 logFC 情况（如果同为 Up 或者同为 Down 的分子越多，则对应的柱子的颜色越深，靠一边的分子越多）。

云端数据

这里的云端数据与历史记录中 GO|KEGG（联合 logFC）模块的数据记录是保持一致的，可以在历史记录中找到相应的数据记录。

根据需要可视化的项目选择好对应的云端数据记录。

以上就是有关GO|KEGG圈图的背景介绍，如果想要进一步掌握GO|KEGG圈图的相关内容，还可以登录解螺旋官方网站进行深入的学习和探索！

实战演练

下面让我们来看一篇2022年2月发表在“American Journal of Translational Research”（IF= 4.06）杂志上的一篇文章。题名为“Integrated analysis of differentially expressed genes and a ceRNA network to identify hub lncRNAs and potential drugs for multiple sclerosis”。