1.提单中托运人和收货人栏的内容不同。提单的托运人是实际出口商(直接所有人)，收货人收货人一般根据信用证的规定填写运单的同一栏，通常是记名；M单签发给实际出口商时，发货人填写出口商，收货人填写托运单；签发给货代时，发货人填写货代，收货人填写货代在目的港的代理。
2.在目的港交换单据的程序是不同的。只要持有M单，就可以直接在目的港的船务代理处兑换进口提单。手续简单快捷，费用相对固定便宜；而H单持有人需要在目的港货代兑换M单，才能拿到提单，办理报关提货手续。但换汇费用昂贵且不固定，全由目的港货代决定。
3.M提单是基本的、真实的物权凭证，船公司在目的港将货物交付给M提单上注明的收货人。如果出口商拿到了H单，就意味着发运货物的实际控制权在货代手中(此时M单的收货人就是货代在目的港的代理)。如果货代公司破产了，出口商(进口商)就不能拿着H单去船公司提货了。
4.对于满箱货物，M单和H单都可以发，LCL的货物只能发H单，因为船公司不会帮货主到LCL，也不会帮货主在目的港分拨货物。
5.一般货代单证的提单号不进入海关舱单管理系统，与进口报关单上的提单号不同；提单上列有提单提单的名称和联系方式，但联系公司不是外包或中外运等港口船务代理。
