PCR实验中，引物设计占有十分重要的地位。下面我们就来介绍一下SSR引物设计的方法：
步骤
1、将由misa得到的.misa文件的内容复制至Excel表格，并其分为2、3、4、5、6碱基重复和复合重复（多态性位点较多的一般是2、3碱基重复）： 
其中红色部分为SSR位点位置2.将各碱基重复的表格按照重复次数从高到低排序，理论上重复次数越多多态性越高。3.在Excel表格中去除SSR位点靠前或者靠后的序列，比如序列c12900SSR位点过于靠前，c58603SSR位点过于靠后均无法设计SSR引物.4.在原始数据中查找初筛后的数据如c20128进行查找相应序列，将序列输入Primer6设计引物。 
5.引物设计时因考虑到扩增片段的长度一般150-350bp，可以在SSR位点的前后200bp设计： 
6.挑选分数大于80.0，扩增片段为150-350bp的高分引物，最好设计50对进行挑选，注意设计的引物不可与SSR位点区段重叠（此例子中SSR位点区段为552-581）。此例中挑选的为第五条。 
要求：1 引物长度18-22 bp2 扩增产物100-250 bp3 GC含量35%-65%4 碱基重复次数不多于4，尤其是G或C的单碱基重复最好少于35 两个引物Tm值差异控制在2范围内
