明初设立中书省，六部(吏部、户部、兵部、刑部、礼部、工部)隶属中书省。后来废除中书省，六部直接向皇帝负责，成为掌管国家行政事务的最高机构。一般情况下，每个部都有一个二级部长，主管本部政务(相当于现任部长)，一个三级部长助理(左大于右)，二级部长助理(相当于现任副部长)。
每个部分下辖4个部(处)，每个部(处)下辖一名正五品专业博士(相当于现任主任)、一名从五品外交部长、一名正六品校长、若干办公室工作人员。
吏部，类似于现在的组织部、纪委等部门。
户部，类似于现在的民政部、财政部、国土局等部门。
兵部类似于今天的国防部，中央军委及其军事机关。
刑事部，类似于现在的司法部和公安部。
礼部类似于现在的外交部、教育部、文化旅游部等。
工业部，类似于现在的工业和信息化部、水利部、住房和城乡建设部等。
六部办公地点在午门，官员相对稳定，一般不会轻易调动。有立功表现的人会在这个部门得到提升。六部属于文官系统，也就是兵部贴上“兵”的标签，不属于武官系统。尤其是明初，各省最高军事组织无法直接动员指挥使臣。负责指挥各省军长的机构是中央政府设立的五个武将公署(前军、后军、左军、右军、中军)。兵部专事武官选拔，简明征伐，马正后传。也就是说，五军都督府和兵部都听命于皇帝，五军都督府有兵权无兵权，兵部有兵权无兵权。五军都督府与兵部互控，互不隶属(明朝中后期文官限制武官)。
明代历史上著名的尚书有：吏部尚书商鞅和知望；刑部尚书王世贞、林聪；于谦、袁崇焕(加标题)；礼部尚书杨普、徐光启；户部尚书费真、汝；工业部长李磊、吴忠。
