1.不同的组织
农村信用社虽然是银行业金融机构，但它是由公民、农村工商会、企业法人及其经济组织入股的社区型地方金融机构。在合作制的基础上，吸收股份制经营机制，其业务经营由在民主选举基础上任命的社员管理和经营，对社员负责。其最高权力机构是会员代表大会，负责管理具体事务和业务运作的执行机构是理事会。
商业银行是以公司治理形式设立的股份制企业，其内部结构通常由决策层、执行层和监督层三个组织层级组成。
(2)目的不同。
农村信用社的经营原则是以支持农村经济发展为最终目标。它不是根据商业化原则运作的。它希望最大限度地保护合作社成员即农民的利益，并为农村经济发展提供金融支持。
商业银行是以盈利为目的，以各种金融负债筹集资金，管理各种金融资产，具有创造信用功能的金融机构。
(3)功能不同。
商业银行是具有信用创造功能的金融机构，是能够为客户提供各种金融服务的特殊金融企业。
农村信用社的功能比较单一，资金来源主要是合作社成员缴纳的股份、留存的公积金和吸收的存款；货款主要用于解决其成员的资金需求。
