发票存根联是指发票的第三联，通常是红色或蓝色背景的纸张，在纸张中央有一条虚线，上方标有“存根”字样。每一张正式发票都应该有3张联，分别是客户联、税务部门联和存根联。发票存根联的作用在于作为商家的一种财务凭证，它是税务部门对商家发票开具缴税情况的核对凭据，同时也是商家自身财务管理的重要依据。
发票是企业的重要财务资料，它可以作为向客户销售商品或提供服务的证据，也可以作为企业进项税额的凭证，对企业的财务管理十分重要。在企业内部，发票存根联通常由财务管理人员进行管理，以确保企业的财务记录的准确性。
通过管理存根联，企业可以跟踪每一笔发票开具的情况，对每一个销售产生的收入和税金进行记录和查询，有助于管理人员控制企业成本和优化财务决策。此外，发票存根联还可以用于企业间的结算、纳税申报和商品的追溯等方面。
在纳税申报过程中，商家必须认真保管好发票存根联，将其交给税务部门进行审核，以确定企业应纳税额。发票存根联上所列明的商品或服务详细内容及价值，并与销售数量和金额的计算相符，是企业进行进项税额抵扣的重要依据。
如果企业没有存储好发票存根联，就无法确定自身实际的销售额和进项税额，从而导致税务部门的决定与企业的实际情况不相符，最终影响企业的纳税申报和税务处理。因此，在纳税申报时，保管好发票存根联是确保企业税务合规性的关键一步。
发票存根联的存储需要符合税务部门的相关规定，通常有以下几种方式：
1. 纸质存档：对于发票存根联，商家应该按照一定的时间顺序进行编目和存档，以保持信用证明完整和准确。税务部门要求企业对其销售的所有商品进行备份，备份周期一般为5至10年不等，具体周期视地区而异。企业应该认真查看当地税务部门的规定，以便按照要求进行妥善存档。
2. 电子存档：根据税务部门的规定，商家可以将发票存根联扫描到公司电脑，以便节省存储空间。但是，税务部门对电子发票的认可程度不同，所以商家必须确认当地税务部门是否允许电子发票的存储和提交，以免产生不必要的风险。
发票存根联在企业销售和纳税中都具有非常重要的作用，对于商家来说，妥善处理和保管好发票存根联是确保管理和纳税合规的重要一环。建议商家在日常管理中，加强对发票的追溯和存储，确保税务管理的正常进行和企业的管理决策的准确性。
