1、标的不同
暂比沪港通多100只股票，整体包含沪港通标的股票。比沪港通增加，深交所A+H股票和市值50亿以上的恒生综合小型股股票。
相比之下，深港通下的港股通新增中小市值香港市场股票，丰富投资者选择深港通和沪港通采用“双通道”独立运行机制，投资者通过深港通下的港股通账户买入港股通标的股票，无法通过沪港通下的港股通账户卖出，只能通过原账户卖出。
2结算和前端操作不同
沪港通、深港通分开换汇、结算、清算、交收、申报等；冻结汇率相同，实际换汇不同。客户前端区分沪港通、深港通进行分开交易操作。
3、投资标的股票不同
相较沪港通，深港通下的港股通增加了，市值50亿港币以上的恒生综合小型股指数成份股。最大的区别在于深市有中小板和创业板，深市的成长股是沪港通和港股市场的补充。
与沪港通类比，深港通的标的不局限于A/H股同时上市，而将包含深市成分股；由于深市成分股与沪市有很大区别，这将丰富香港投资者的投资范围，但中国的高估值成长股能否得到香港投资者认同有很大悬念。
参考资料：
百度百科-沪港通
百度百科-深港通
百度百科-港股通
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