公积金贷款还款日余额不足只扣了一部分，可以用以下方法来解决问题：
1、进行主动还款操作
公积金贷款还款日当天，如果系统只扣除了待还款金额的一部分，那么剩余待还款的部分金额用户可以选择主动还款。由于系统发起自动扣款后，扣款资金不满足本期应扣款金额，系统并不会立即发起第二次扣款。在系统发起第二次扣款之前，用户可以选择主动还款。主动还款的好处在于可以在系统自动扣款之前完成还款，这样可以确保本期公积金贷款按时还款。
主动还款通常是通过手机银行、网上银行进行主动还款操作，是否还款成功要以页面的展示为准。公积金贷款按时还款可以积累良好的信用记录，良好的信用记录可以帮助用户提升个人综合信用评分，从而提升贷款审核通过的概率。
2、等待系统自动扣款
系统在公积金贷款还款日当天会发起多次扣款，每次扣款会间隔一定的时间。首次发起扣款，系统只扣除了部分还款金额，那么间隔一段时间后系统会发起第二次扣款。用户可以选择将剩余待还款的部分金额存入银行卡中，之后耐心等待系统发起自动扣款。只要用户的还款银行卡状态正常，那么系统可以成功扣款。扣款成功后，用户的银行卡余额会发生变化，用户可以通过查询银行卡余额来了解是否扣款成功。
虽然系统会在还款日当天发起多次扣款，但是如果用户无法确认系统具体的扣款时间，为了避免贷款逾期，建议用户在系统扣除部分待还款金额后选择主动还款。用户能够确认系统自动扣款的时间，则将剩余待还款资金存入银行卡中，耐心等待系统再次扣款即可。
公积金贷款还款日当天，系统只扣除了部分还款资金并不会直接导致公积金贷款逾期。只要在公积金贷款还款日当天，用户还清了当期应还款金额，主动还款或者自动还款，都会被银行认为是正常还款。只要是正常还款，那么就不会产生逾期记录与逾期利息。
